Arxeologiya və Antropologiya İnstitutunun təşəkkülü və formalaşması uzun tarixi prosesin nəticəsi ilə bağlı olmuşdur.
Arxeoloji tədqiqatların təşkilatlanmasının bünövrəsində 1923-cü ildə təşkil olunmuş Azərbaycan Tədqiq və Tətəbbö Cəmiyyətinin yaradılması durmuşdur. Cəmiyyət başqa sahələrlə yanaşı arxeoloji və etnoqrafik tədqiqatların da istiqamətlənməsində mühüm rol oynamışdır.
Növbəti mərhələ 1924-cü ildə Azərbaycan Arxeoloji Komitəsinin yaranması ilə davam etdirilmişdir. Arxeoloji Komitə ekspedisiyaların təşkili, abidələrin qeydə alınması və ilkin tədqiqi ilə bağlı intensiv fəaliyyət göstərmişdir. 1929-cu ildə yeni yaranmış Azərbaycan Elmi-Tədqiqat İnstitutunun tərkibində fəaliyyət göstərən arxeoloq və etnoqraflar tədqiqatların miqyasını daha da genişləndirmişdir.
1932-ci ildə təşkil olunan SSRİ EA Zaqafqaziya Filialının Azərbaycan Bölməsi tərkibində Maddi-Mədəniyyət şöbəsi geniş elmi araşdırmaları davam etdirmiş, ayrıca bir vahid kimi sonrakı işlərin əlaqələndirici rolunu oynamışdır. 1935-ci ildə SSRİ EA ZF Azərbaycan Filialına çevrilərək Maddi-Mədəniyyət şöbəsinin də fəaliyyəti yeni mərhələyə qədəm qoymuşdur. 1945-ci ilə Filialın bazasında müstəqil Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası yaradılmış, bütün elm sahələri kimi Arxeologiya və Etnoqrafiya üzrə təşkilatı məsələlər daha operativ həllini tapmışdır. Məhz həmin dövrdə məşhur Mingəçevir arxeoloji-etnoqrafik tədqiqatları masştablı xarakter almışdır.
Akademiyanın aparıcı bölməsindən olan Tarix İnstitutu müstəqil fəaliyyətə başlamış, Maddi-Mədəniyyət şöbəsi onun strukturuna daxil olmuşdur.
Sonrakı vaxtlarda İnstitutun tərkibində ayrıca Arxeoloji və Etnoqrafik şöbələr təşkil olunmuşdur. XX əsrin 60-cı illərində Arxeoloqlar bir neçə şöbədə – “Qədim dövr arxeologiyası” və “Orta əsrlər dövrü arxeologiyası”, “Tarixi Etnoqrafiya” və “Müasir dövr arxeologiyası” şöbələri yaradılmışdır.
1974-cü ildə Tarix İnstitutunun nəzdində bir sıra şöbələri əhatə edən Arxeologiya və Etnoqrafiya Sektoru yaradılmışdır.
1993-cü ildə AR Prezidentinin xüsusi sərəncamı ilə Arxeologiya və Etnoqrafiya Sektorunun bazasında müstəqil Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutu təşkil olunmuşdur.
2021-ci ildə İnstitutun Arxeologiya, Etnoqrafiya və Antropologiya İnstitutu, 2023-cü ilin axırlarında Arxeologiya və Antroipologiya İnstitutu adlanmağa başlamışdır. Bu haqda 2024-cü il 19 yanvar tarixində Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabineti Qərar vermişdir. Arxeologiya və Antropologiya İnstitutu ölkəmizdə arxeoloji və antropoloji tədqiqatlar aparır. Hal-hazırda institutun elmi tədqiqat işlərinin müasir gündəmin tələbinə cavab verən yeni mövzuları hazırlanır.