İnstitutun fəaliyyətinin əsas məqsədi arxeologiya və antropologiya elmləri sahəsində Azərbaycanın zəngin maddi-mədəni irsinin öyrənilməsinə yönəlmiş fundamental elmi tədqiqatların təşkili və aparılmasıdır. Bu məqsədi həyata keçirmək üçün institutun nizamnaməsi ilə aşağıdakı istiqamətlər müəyyən edilmiş və fəaliyyət buna uyğun təşkil edilmişdir:
- Azərbaycan arxeologiyasının tarixi və nəzəriyyəsi sahəsində tədqiqatlar aparmaq;
- Azərbaycan Respublikasında elmi tədqiqatların Azərbaycançılıq ideyası, ölkənin dövlət səviyyəsində təsdiq edilmiş inkişaf strategiyası və milli prioritetləri əsasında qurulmasını təmin etmək.
- Ölkəmizdə çöl tədqiqat işlərini Nazirlər Kabinetinin “Azərbaycan Respublikasında elmi ekspedisiyaların təşkili və aparılması Qaydaları” qərarı əsasında təşkil etmək;
- “Tarix və mədəniyyət abidələrinin qorunması haqqında” və “Mədəniyyət haqqında” Azərbaycan Respublikasının qanunlarına uyğun olaraq, tarix və mədəniyyət abidələrinin qorunmasında iştirak etmək;
- Müvafiq dövlət qurumlarının rəsmi müraciətləri əsasında monitorinqlər həyata keçirmək və rəy vermək;
- Xarici ölkələrin elmi mərkəzləri ilə ölkəmizin maraqlarına cavab verən əməkdaşlıq və müştərək tədqiqat işlərinin aparılması;
- Arxeologiya və antropologiya sahələri üzrə fundamental əsərlər hazırlayıb nəşretmək.
- Azərbaycanın məskunlaşma tarixi, fiziki antropoloji tədqiqatlarla ərazimizdə yaşamış olan və hazırda yaşamaqda davam edən insanların genetik bağlılığı problemi üzrə tədqiqatlar aparmaq;
- İşğaldan azad olunmuş tarixi torpaqlarımızda müxtəlif arxeoloji tədqiqatlar, o cümlədən məhkəmə arxeologiyası üzrə tədqiqatlar aparmaq;
İnstitutun əsas elmi istiqamətlərində məhz bu prinsiplər əsas götürülmüş və elmi tədqiqatların aparılmasında aşağıdakı elmi istiqamətlər müəyyən edilmişdir:
- Daş dövrü arxeologiyası
- Tunc dövrü arxeologiyası
- Dəmir dövrü arxeologiyası
- Antik dövr arxeologiyası
- İlk orta əsrlər dövrü arxeologiyası
- İslam dövrü arxeologiyası
- Alban dövrü arxeologiyası
- Məhkəmə arxeologiyası
- Xəzər arxeologiyası
- Etnoarxeologiya
- Numizmatik və epiqrafik tədqiqatlar
- Antropoloji tədqiqatlar
- Arxeoloji irsin tarixi və nəzəriyyəsi