Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi Arxeologiya və Antropologiya İnstitutunun strukturunda elmi əlaqələrin yaradılması, möhkəmləndirilməsi və genişləndirilməsi istiqamətində fəaliyyət göstərir. Əvvəllər şöbə Beynəlxalq əlaqələr və təhsil şöbəsi adı altında fəaliyyət göstərmiş, 2024-cü ilin may ayının 16-dan etibarən isə Beynəlxalq Əlaqələr şöbəsi kimi ayrıca fəaliyyət göstərməkdədir. Təsis edildiyi vaxtdan etibarən şöbə aktiv şəkildə institutun beynəlxalq ekspedisiyalarının təşkilində və xarici institutlarla birgə müştərək layihələrin icrasında iştirak edir. Eyni zamanda, şöbə müxtəlif xarici tədqiqat institutları və nüfuzlu universitetlərlə Anlaşma Memorandumlarının imzalanmasını təşkil edir, bununla bağlı zəruri prosedurları həyata keçirir. Hazırda dünyanın aparıcı elm mərkəzlərindən olan Yaponiya, Fransa, Almaniya, Amerika Birləşmiş Ştatları, Cənubi Koreya, Danimarka və sair ölkələr Arxeologiya və Antropologiya İnstitutu ilə beynəlxalq əməkdaşlıq etməkdədir. Şöbə həmçinin, institutun beynəlxalq elmi simpozium və konfranslarının təşkilini həyata keçirmişdir. Hal-hazırda institutun beynəlxalq elmi tədqiqat işlərinin müasir gündəmin tələblərinə müvafiq yeni mövzuları hazırlanır.